آیت الله العظمی محمد بهجت فومنی در اواخر سال 1334 ه.ق. در خانواده ای دیندار و تقوا پیشه، در شهر مذهبی فومن واقع دراستان گیلان، چشم به جهان گشود. هنوز 16 ماه از عمرش نگذشته بود که مادرش را از دست داد و از اوان کودکی طعم تلخ یتیمی را چشید.

درباره نام آیت الله بهجت خاطره ای شیرین از یکی از نزدیکان آقا نقل شده است که ذکر آن در اینجا جالب می‌نماید، و آن اینکه:

پدر آیت الله بهجت در سن 16-17 سالگی بر اثر بیماری وبا در بستر بیماری می افتد و حالش بد می شود به گونه ای که امید زنده ماندن او از بین می رود وی می گفت: در آن حال ناگهان صدایی شنیدم که گفت:
 

« با ایشان کاری نداشته باشید، زیرا ایشان پدر محمد تقی است. »

 

تا اینکه با آن حالت خوابش می برد و مادرش که در بالین او نشسته بود گمان می کند وی از دنیا رفته، اما بعد از مدتی پدر آقای بهجت از خواب بیدار می شود و حالش رو به بهبودی می رود و بالاخره کاملاً شفا می یابد.
چند سال پس از این ماجرا تصمیم به ازدواج می گیرد و سخنی را که در حال بیماری به او گفته شده بود کاملاً از یاد می برد.
بعد از ازدواج نام اولین فرزند خود را به نام پدرش مهدی می گذارد، فرزند دومی دختر بوده، وقتی فرزند سومین را خدا به او می دهد، اسمش را « محمد حسین» می گذارد، و هنگامی که خداوند چهارمین فرزند را به او عنایت می کند به یاد آن سخن که در دوران بیماری اش شنیده بود می افتد، و وی را « محمد تقی » نام می نهد، ولی وی در کودکی در حوض آب می افتد و از دنیا می رود، تا اینکه سرانجام پنجمین فرزند را دوباره « محمد تقی » نام می گذارد، و بدینسان نام آیت الله بهجت مشخص می گردد.

کربلایی محمود بهجت، پدر آیت الله بهجت از مردان مورد اعتماد شهر فومن بود و در ضمن اشتغال به کسب و کار، به رتق و فتق امور مردم می پرداخت و اسناد مهم و قباله ها به گواهی ایشان می رسید. وی اهل ادب و از ذوق سرشاری برخوردار بوده و مشتاقانه در مراثی اهل بیت علیهم السلام به ویژه حضرت ابا عبدالله الحسین علیه السلام شعر می سرود، مرثیه های جانگدازی که اکنون پس از نیم قرن هنوز زبانزد مداحان آن سامان است.

باری آیت الله بهجت در کودکی تحت تربیت پدری چنین که دلسوخته اهل بیت علیهم السلام به ویژه سید الشهداء علیه السلام بود، و نیز با شرکت در مجالس حسینی و بهره مندی از انوار آن بار آمد. از همان کودکی از بازیهای کودکانه پرهیز می کرد و آثار نبوغ و انوار ایمان در چهره اش نمایان بود، و عشق فوق العاده به کسب علم و دانش در رفتارش جلوه گر.

ایشان بعد از تکمیل دروس، در سال 1363 ه.ق. موافق با 1324 ه.ش. به ایران مراجعت کرده و چند ماهی در موطن خود فومن اقامت گزید و بعداً در حالی که آماده بازگشت به حوزه علمیه نجف اشرف بود، قصد زیارت حرم مطهر حضرت معصومه علیها السلام و اطّلاع یافتن از وضعیت حوزه قم را کرد، ولی در طول چند ماهی که در قم توقف کرده بود، خبر رحلت استادان بزرگ نجف، یکی پس از دیگری شنیده می شد، لذا ایشان تصمیم گرفت که در شهر مقدس قم اقامت ‌کند.
در قم از محضر آیت الله العضمی حجت کوه کمره ای استفاده کرده و در بین شاگردان آن فقید سعید درخشید. چند ماهی از اقامت حضرت آیه الله العظمی بروجردی در قم نگذشته بود که آیت الله بهجت وارد قم شد، و همچون حضرات آیات عظام امام خمینی، گلپایگانی و ... به درس فقید سعید مرحوم بروجردی حاضر شد.

آیت الله مصباح در این باره می گوید:
« آیت الله بهجت از همان زمانی که مرحوم آیت الله بروجردی(ره) در قم درس شروع کرده بودند از شاگردان برجسته واز مُستَشکِلین معروف و مبرّز درس ایشان بودند. معمولاً استادانی که درس خارج می گویند، در میان شاگردانشان یکی دو سه نفر هستند که ضمن اینکه بیش از همه مطالب را ضبط می کنند احیاناً اشکالاتی به نظرشان می رسد که مطرح و پی گیری می کنند تا مسائل کاملاً حل شود، اینان از دیگران دقیق ترند، و اشکالاتشان علمی تر و نیاز به غور و بررسی بیشتری دارد، و ایشان در آن زمان چنین موقعیتی را در درس مرحوم آیت الله بروجردی داشتند. »